目的

GPUサーバーでjupyter notebookが実行できるように、ターミナルでコマンドを打ち込んで実行して結果を元ノートブックに残すこと。

コマンド

jupyter nbconvert --execute --to notebook --inplace <notebook>

参照：https://stackoverflow.com/questions/35545402/how-to-run-an-ipynb-jupyter-notebook-from-terminal

timeout問題

一つセルの実行時間がデフォルト30秒と限定され、長く延ばすためにコンフィグファイルの修正が必要となります。
~/.jupyter/jupyter_nbconvert_config.py というファイルを開い、無ければ作成し、下記を書き込むこと。

c = get_config()

c.ExecutePreprocessor.timeout = 600

上記の場合は実行時間上限を600秒と設定しました。-1と設定すれば限定なし。